Nació en Madrid hacia 1798. Fue alumno de la Real Academia de San Fernando, centro en el que cursó los conocimientos teóricos y prácticos de la arquitectura. Junto con el académico de mérito José Joaquín de Troconiz asistió a las diferentes obras a su cargo y bajo su dirección

Ostentando el cargo de ayudante de ingeniero de caminos, solicitó de la expresada Academia su admisión a los ejercicios para la clase de maestro arquitecto el 15 de septiembre de 1833. Para este fin presentó como prueba de pensado el proyecto de Conservatorio de artes proyectado para ser ejecutado en la manzana 276 de esta Corte y su ángulo que dé frente al costado izquierdo de la fuente de Cibeles y al jardín de la Glorieta, en el Real Sitio del Buen Retiro (del A- 263 al A- 268) con su informe facultativo y el avance del coste de la obra, la certificación de práctica librada por el arquitecto José Joaquín de Troconiz y la justificación de su conducta moral y política.

La Junta de la Comisión de Arquitectura reunida el 10 de diciembre de 1833 examinó la obra y los documentos aportados, acordando el pase del pretendiente al resto de los ejercicios. Fue admitido en la Junta Ordinaria del 15 del mismo mes, fecha en la que le sortearon los programas de repente. Le tocaron en suerte los números 32, 54 y 76, los cuales respondieron respectivamente: «Un Peso Real ó Almacen para despacho de generos comestibles, con habitación del Administrador y Mozos. Se demostrará en planta, fachada y una sección», «Una Galeria como para adornar el Paseo del Prado en frente de la Fuente del Apolo en la parte descubierta que dejó la Alcantarilla, que tenga á sus extremos Botillería, Café, Sala de tertulia y Piezas para Mesas de trucos y de Villar. Planta, Alzado y corte» y «Portada adornada para entrar al Jardin Botanico y á los lados dos pabellones para habitación de los Porteros principales. Se demostrará en planta, fachada y una sección». De los tres asuntos escogió el nº 32, es decir, un Peso real para la venta de comestibles (A- 2322), elección que comunicó a la corporación el 17 de diciembre.

La Junta de Examen se reunió el 30 de diciembre de 1833 asistiendo a ella los profesores Juan Antonio Cuervo, Custodio Teodoro Moreno, Antonio de Varas y Juan Miguel de Inclán. Cotejada la obra de pensado con la de repente que el interesado explicó una vez entrado en la sala, se procedió a la realización del examen teórico. Villares Amor comenzó este nuevo ejercicio tratando la arquitectura y los ramos en que se subdividía, así como los ramos de caminos y canales. En seguida se centró en las ciencias matemáticas, los tratados de geometría y las secciones; los requisitos de la buena construcción; el levantamiento del plano de una casa y su tasación; las bóvedas y las diferentes formas que resultan de sus secciones cónicas. Por último, contestó a otras preguntas que le fueron cuestionadas por los profesores sobre la teoría y práctica de la profesión.

Satisfechos los examinadores con los méritos de las obras y las contestaciones dadas a las preguntas formuladas le creyeron apto para ostentar el título de maestro arquitecto, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 26 de enero de 1834, a los 36 años de edad.

El 15 de enero de 1838 presentó a la Academia la traducción que había hecho de los métodos de nivelación trigonométrica publicados en francés por Prony y Biot, con el doble objeto de acreditar sus estudios y obtener la correspondiente censura de la corporación como preliminar a la publicación que se proponía de esta obra. Al día siguiente, la Comisión de Arquitectura acordó que dicho estudio pasase el examen de los profesores Varas y Loredo, pero Varas no daría su dictámen hasta el 18 de febrero, de ahí que la Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 6 de marzo acordase por uniformidad de votos conformarse con la censura dictada por dicho profesor.

Comisión de Arquitectura. Informes, 1829-1838. Sig. 1-30-3; Comisión de Arquitectura. Maestros arquitectos: Expedientes: 1. Villares Amor, Manuel de los, 1834. Sig. 2-4-4; Libro de registro de maestros arquitectos aprobados por la Real Academia, 1816-1900, nº 158. Sig. 3-154.