Hijo de José Francisco de Urquijo y Juana Crisóstoma de Isusi, nació en Oquendo (Álava)) el 30 de agosto  de 1812. Estudió Dibujo, los dos cursos de Matemáticas obligatorios  con arreglo al plan de estudios de San Isidro, así como nociones de Física y Geografía, obteniendo un oficio de honor tras presentar unos trabajos en la Junta Ordinaria del 19 de febrero de 1837. Fue discípulo particular del  académico de mérito Juan Miguel de Inclán Valdés, por entonces el director más antiguo de la Academia de San Fernando. En su estudio se instruyó en la teoría y práctica de la arquitectura durante más de seis años, en el termino de los cuales realizó diferentes comisiones como la medida y el levantamiento de planos y entre 1839 a 1841 el replanteo, la ejecución práctica de diversas construcciones y los apeos en las obras a cargo de su maestro.

El  5 de marzo de 1841 solicitó de la Academia de San Fernando su admisión a los ejercicios para la clase de maestro arquitecto, presentando como prueba de pensado el proyecto de Un cuartel de infanteríacon destino a la Guardia Real (del A- 3175 al A- 3178) con su informe facultativo y el avance del coste de la obra, la partida de bautismo, la certificación de práctica librada por su profesor particular Juan Miguel de Inclán y la justificación de su conducta moral y política.

La Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el  9 de marzo de 1841 examinó la obra y los documentos aportados, acordando el pase del pretendiente al resto de los ejercicios de reglamento. Fue admitido en la Junta Ordinaria del 14 de marzo de 1841, fecha en la que le fueron sorteados los programas de repente. Le tocaron en suerte los números 3, 19 y 37, los cuales respondieron respectivamente: «Casa tribunal, y havitacion, para un Magistrado, Alcalde de Corte, ó Ministro de una Audiencia, con Juzgado de 1ª instancia. Planta, fachada, y corte», «La Planta y Seccion por lo ancho de un Coliseo publico, cuya Armadura se demuestre tambien» y «teniendo presente la Basilica de Jano que describen los Comentadores de Vitruvio en sus respectivos lugares, y lo que se deduce de la del Paladio, disponer otra con arreglo a nros usos. Planta, fachada, y corte». De los tres asuntos escogió el nº3, es decir, una Casa tribunal y habitación para un magistrado, alcalde de corte o ministro de una audiencia, con juzgado de 1ª instancia (A- 888), elección que comunicaría a la Corporación el 20 de marzo.

La Junta de Examen tuvo lugar la mañana del sábado 27 de marzo de 1841, asistiendo a ella como vocales los profesores Custodio Moreno, José Joaquín de Troconiz, Pedro de Zengotita, Eugenio de la Cámara  y Juan Miguel de Inclán. Cotejada la obra de pensado con el ejercicio de repente que el interesado explicó una vez entrado en la sala, se procedió a la realización del examen teórico. Urquijo comenzó este nuevo ejercicio explicando los tratados matemáticos y la clasificación de las partes en que se componían para ser cuestionado acerca de geometría y trigonometría, incluyendo la trigonometría esférica. Enseguida recorrió las secciones cónicas y las curvas regulares tratando las secciones y sus resultados en el cono recto y el oblicuo, con lo que se introdujo en el arte de la montea y las cimbras. Posteriormente trató los órdenes de arquitectura y los diámetros respectivos a las alturas a las que tendrían que ajustarse, la construcción y los despiezos del arquitrabado del pórtico de su obra y los tizones que daría. Se explayó en las piezas de la cornisa y en la distribución de su obra de pensado, distribución que razonó tras haber estudiado las ejecutadas por varios arquitectos españoles singulares, tales como Herrera, Villanueva y Ventura Rodríguez. Por este motivo se centró en el Museo del Prado, el pórtico del Observatorio Astronómico, las fuentes del Prado y otras producciones de estos profesores. Por último, entró en la construcción y sus requisitos; la elección y la apropiada aplicación de los materiales, su elaboración y gastos; los replanteos y las memorias para la cantería, su asiento en obra y las prevenciones necesarias para la mejor unión con las fábricas de las jambas y dienteles; los apeos y el empleo de las maderas; la medida y la tasación de los edificios.

Satisfechos los examinadores con las obras presentadas y las explicaciones dadas a las preguntas formuladas le hallaron apto para ostentar el título de maestro arquitecto, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 25 de abril de 1841, a los 28 años de edad.

Por la Real Orden de 28 de noviembre de 1841, el gobierno encargó a la Real Academia de San Fernando la apertura de un concurso público para la construcción del nuevo edificio para Congreso de los diputados. Se trataba de uno los edificios más emblemáticos de la capital, instalado en un primer momento en el convento de Clérigos Menores del Espíritu Santo en la Carrera de San Jerónimo, casi destruido por un incendio en 1823, pero reconstruido posteriormente sobre el mismo solar debido a problemas en la cimentación, su insalubridad y la amenaza de ruina que evidenciaban algunas de sus partes.

Las Comisiones de Pintura, Escultura y Arquitectura se reunieron el 13 de abril de 1841 para poner de manifiesto el plano topográfico del local, las calles y las manzanas que debían circunscribir el edificio, así como la nueva calle que debía aislar la casa medianera del duque de Híjar. Pero además de la ubicación, se ocuparon de definir las características del edificio en su distribución: las salas para las secretarías; el archivo y la biblioteca; la portería mayor; los salones de descanso y  conferencias; el despacho del presidente y el secretario; las salas de recibo y de audiencia; la contaduría; el salón principal capaz para 242 diputados y 146 senadores, que aparte de contener la tribuna pública debía poseer otras estancias destinadas al cuerpo diplomático español y extranjero, los senadores y demás cargos funcionarios, el de las personas invitadas y las habitaciones para los diputados del Consejo.

Comenzada la demolición del convento el 21 de marzo de 1842, la Academia convocó el correspondiente certamen público, cuyo programa salió publicado en la prensa el 16 de junio de 1842. Las obras de los concursantes se presentaron en la Secretaría de la corporación, acordándose la adjudicación de dos premios para mayor estímulo de las artes. La primera medalla se adjudicaría al 1º premio de 1ª clase en concurso general con la remuneración de 8.000 reales, mientras que el accésit a la medalla correspondiente al 2º premio de la 1ª clase con 6.000 reales de vellón.

Tras enviarse el programa a todas las academias de España y publicarse en los respectivos medios nacionales y provinciales, se presentaron un total de 12 proyectos. El autor ganador fue Narciso Pascual y Colomer, cuyo lema había respondido: «Nihil est ese omnibus rebus humanis praclarius aut praestantius quam de republica bene Merari» mientras que el accésit le fue concedido a José María Guallart y Sánchez, autor de la letra F y el lema: «Simplese ac grave». No obstante, dado que Antonio de Zabaleta, opositor con la letra C y lema «Aunque el anuncio me llegó tardío etc.» había empatado a votos con Guallart y el empate se había resuelto a favor de este último, la Academia acordó proponerle para un premio especial en vista del mérito de su obra.

El proyecto de Pascual y Colomer presupuestado en 14.800.00 reales sería modificado en el transcurso de las obras. El arquitecto tuvo en cuenta la correcta distribución interior del edificio, la luz y la acústica que le eran necesarias como la funcionalidad y la ornamentación que eran requeridas. Hizo resaltar su pórtico de entrada a través de seis columnas corintias y estriadas con sus contrapilastras siendo los autores de la talla de los capiteles y demás adornos de las molduras los tallistas José Panucci y Francisco Pérez, aunque otros escultores relevantes participaron en su decoración, entre ellos, José Piquer y Sabino Medina, los cuales se encargaron en 1850 de las cuatro cariátides del salón de sesiones representando las Ciencias, el Comercio, la Marina y la Agricultura, o Bergeret, artista que cinceló los famosos leones de bronce bajo el modelo de Ponciano Ponzano.

Pero dada la envergadura de la obra, muchos fueron los profesionales que intervinieron en su ejecución: desde administradores, escultores, tallistas y escayolistas, hasta marmolistas, pintores, doradores, tapiceros y alfombristas. Sabemos que el director de las obras fue Narciso Pascual y Colomer, pero también que entre los arquitectos auxiliares figuraban Miguel Mendieta, Manuel de Mesa (ayudante de arquitecto), Francisco Pablo Gutiérrez y Juan José de Urquijo (delineante), mientras que como aparejadores Manuel Sánchez Blanco (en el derribo del antiguo edificio), Francisco Febrer (aparejador general), Ramón Corral (aparejador de carpintería) y Juan José Sánchez Aguilera (aparejador de cantería).

Junto con los arquitectos Carlos del Bosch y Romaña y Morán Lavandera, Urquijo realizó el 4 de junio de 1846, a las 5 de la tarde y en presencia del juez de 1ª instancia Juan Riol, el nuevo estudio del terreno de la casa situada en la calle Ancha de San Bernardo con vuelta a la de San Vicente Alta, nº 74 nuevo (3 antiguo) de la manzana 492 (Madrid). Levantaron el perímetro con la superficie de 26248 y 7/8 pies2, pero 15 del mismo mes se les notificó que debían hacer una nueva tasación como segunda parte del auto de la Audiencia, tasación que quedó firmada el 10 de julio y en la que quedaron reseñados al pie los derechos que debían pagarse a cada profesor por el trabajo elaborado.

El 9 de octubre de 1851 remitió a la Academia el informe que había elaborado sobre el estado en que se encontraba la iglesia parroquial de Chamberí (Madrid). El expediente que de este templo conservaba la corporación se remontaba a 1847 pero ahora quedaría actualizado al intervenir en la iglesia Antonio de Cachavera y Langara entre 1850 y 1852.

El 29 de octubre de 1878 se puso en conocimiento de la corporación que se estaban intentando realizar obras de restauración en el Palacio Arzobispal de Alcalá de Henares, tanto en los artesonados moriscos y en los muros del salón llamado de Concilios como en otras partes del edificio a fin de alojar dignamente el Archivo Histórico Nacional. Debido a la calidad e importancia artística de la obra no debían ejecutarse estas restauraciones sin el conocimiento de la Academia y su Comisión de Monumentos que era la Provincial de Madrid, por ello se nombró dentro de la Comisión de Monumentos una subcomisión para que visitara el palacio y se enterase de cómo se iban a llevar a cabo las obras, tal y como regía el Reglamento de 1865.  Se acordó que el 10 de noviembre esta comisión hiciese una visita de inspección al edificio-monumento junto con los académicos J. Espalter, P. de Madrazo y Antonio Ruiz de Sálces.

            El profesor Juan José de Urquijo, que era el director de las obras arquitectónicas, puso de manifiesto a la institución académica el plan de sus trabajos y la parte de los mismos ya ejecutados, de los cuales la comisión vio con complacencia que los alfarjes habían sido trazados y construidos con inteligencia y con el perfecto conocimiento del sistema empleado antiguamente. Sabemos que el artista decorador era Manuel Laredo, quien se había encargado de la restauración del alfarje morisco del siglo XIV: «Forma dicho alfarje ó artesonado en sus tres grandes planos, el horizontal y los dos diagonales, elegantes lacerias con los maderos ó pares que constituyen el esqueleto de su armazon. Estos pares, achaflanados, labrados, cortados en sus extremos para las esnambladuras de los lazos y nudos, y realzados en sus caras con adornos pintados y filetes de muy buen gusto, hacen casetones ó lacunares de diversas figuras, cuyos fondos son tableros, pintados y dorados, que imitan valiosos brocados de estilo oriental, y aun pérsico de gran magnificencia. No recuerda la Comision alfarges moriscos (de estos que hoy vulgarmte se califican de mudejares) de una ornamentacion de colores mas bella y exuberante. Los ramages que realzan el fondo de los casetones, en nada se asemejan á los que, derivados de la ornamentacion arábiga-bizantina, ó mauritana, ó granadina, son tan frecuentes en la decoracion y galano revestimto de los muchisimos edificios de carácter sarraceno que embellecen las poblaciones de ntra Península. [...] La lacería en el plano central y horizontal del artesonado, ademas de casetones, dibuja florones ó estrellas de radios, de cuyos centros penden piñas doradas, de labor prismática, destinadas a brillar como verberos en el juego de las luces. Los pares del arteson estuvieron pintados en sus haces laterales de rojo oscuro no de encendido cinabrico como se le ha podido al resatuarador que los pinte ahora, y fingen estofa listada en su cara pral; y los colores, lo mismo en estos que en las tablas del fondo de los casetones, están aplicados ser tela, adherida con gran pulcritud y solidez á la madera y preparada para recibir el oro, la plata y la pintura á la cola. Es tal la perfeccion de este revestimto de tela, que solo en los desconchados de la gruesa capa de color y oro se adquiere el plano convencimto de su existencia, y admira todavía más en los grandes planos, como en los de los tirantes ó alfardas que unen los faldones del artesonado, los cuales aparecen tambn forrados en igual forma. Destacan estos tirantes sobre ménsulas ó medias zapatas de muy garbosos perfiles, casi todos distintos, y advierte claro en ellos el propósito de figurar un entapizado general de brocados y ricas telas, porque la pintura está dispuesta prosiguiendo de unas caras en otras, sin solucion de continuidad y doblándose en lo vivo de las aristas, las ondas de las guirnaldas que los decoran. [...] El ancho friso que corre por debajo del artesonado descrito, y que una ciega furia vandálica casi redujo á escombros en época moderna, aunque incierta, al poner un suelo y un cielo raso á media altura del salon para formar en él dos pisos, ostentaba en su principio en su faja ó zona pral, un fondo á compartimientos de arcos mixtilíneos, ornamentales, es decir, ciegos, por el estilo de los que se advierten en la coronacion de la Giralda de Sevilla y en la fachada de la Yga mudejar de Omnium Santorum de la misma ciudad, tambn construccion del siglo XIV. Ynscritos en estos arcos ciegos habia tableros cuajados de ataurique ó de menuda ajaraca, ó cubiertos de inscripciones, ya cúficas, ya africanas, entremezcladas de arabescos [...] y llevaba el friso, resaltando de trecho en trecho sobre el paramento gral. de los referidos arcos moriscos, abultados recuadros de estilo ojival, de cuyas implantaciones quedan visibles señales, y cuyos fragmentos se recogen todavia, por fortuna para servir de muestra al restaurador [...]». El 20 de noviembre de 1878 la Academia aceptó por unanimidad y con satisfacción las consideraciones que sus individuos le habían manifestado sobre el estado de la obra y su futura restauración.

En 1882 Urquijo se hizo cargo del proyecto de restauración de tres arcos de la escalera principal del Archivo de Alcalá, proyecto que comprendía tres documentos: «el primero una sucinta memoria del objeto é importancia del mismo, con la demostracion de la necesidad de llevarlo á cabo, y la explicacion de la manera y forma de jecutarlo: constituye el segundo documento un presupuesto de la obra, importante, el general 21.696 pesetas, 69 céntimos y el de contrata 22.998 pesetas y 49 céntimos; y por último el tercer documento lo constituye el dibujo de uno de los arcos, en que con toda claridad se demuestra el despiezo de la canteria y la ornamentacion correspondiente». La junta de la Sección de Arquitectura celebrada el 3 de mayo de 1882 aprobó el proyecto en vista de que conservaba el espíritu que dominaba el resto de la obra y era de absoluta necesidad su restauración.

En esta misma ciudad se estaba levantando uno de los palacios más destacados de la Comunidad de Madrid: el palacio de Laredo (1880-1884), propiedad del artísta Manuel José de Laredo y Ochoa. Responde a una quinta de recreo con destino a vivienda-museo cuya fábrica de ladrillo neomudéjar es extraordinaria por su gran variedad de aparejos.

Existe una problemática en cuanto a la autoría del proyecto, ya que algunos autores afirman que responde al pintor Manuel Laredo, propietario del inmueble, mientras que otros al arquitecto Juan José de Urquijo, ambos colaboradores en la restauración del palacio arzobispal tal y como hemos mencionado. No obstante, todo apunta a que el responsable del proyecto fue este último y que la obra fue ejecutada por el maestro de obras local José Vilaplana.

Se convirtió en una obra peculiar desde los primeros momentos al fundirse en ella diferentes estilos y poseer elementos de otras edificaciones igualmente significativos como resultado de las desamortizaciones de mediados del siglo XIX. Sobre la base del neomudéjar se alternan dentro del inmueble elementos góticos, renacentistas, pompeyanos y modernistas, algunos de ellos obra de Laredo y otros coleccionados por el mismo propietario. Es el caso de las bóvedas y las columnas del castillo de Santorcaz (Torremocha); las columnas del jardín de la penitenciaría jesuita de Jesús del Monte en Loranca de Tajuña (Guadalajara);  los artesonados y los cupulines del palacio de los condes de Tendilla (Guadalajara); el alfarje del siglo XVI proveniente del palacio de Antonio de Mendoza (Guadalajara) y los azulejos hispano-árabes procedentes de Toledo, Zaragoza y el palacio de Pedro I el Cruel (Jaén).

Esta acumulación de elementos de diferente época no debe extrañarnos por cuanto que Laredo, además de pintor y coleccionista de antigüedades organizaba expediciones arqueológicas y era restaurador, faceta que le proporcionó poder restaurar entre 1876 y 1782 las salas mudéjares del Palacio Arzobispal, las yeserías y techumbres del salón y ante-salón de Concilios, el salón de San Diego y el de Isabel la Católica.

Las reminiscencias árabes del palacio de Laredo se evidencian en el minarete cubierto con un cupulín de escamas al exterior; los arcos de herradura polilobulados; el aparejo de ladrillo que generan numerosos dibujos geométricos; las yeserías y los azulejos que revisten las paredes de algunas salas y el templete de la actual entrada al palacio, antigua puerta de servicio, sustentado por cuatro columnas nazaríes cubierto por una bóveda de mocárabes, elementos que rememoran una vez más la Alhambra de Granada.

El antiguo vestíbulo o hall del palacio se cubrió con un alfarje procedente del palacio de Antonio de Mendoza en la capital alcarreña. Se halla sostenido por seis jácenas apoyadas sobre canecillos planos de madera y unas jaldetas, todo ello decorado con dorados y pintura policromada característica del último periodo gótico. Próxima a esta estancia se sitúa el actual vestíbulo de entrada, el cual posee un artesonado con cazoletas de latón pintadas y motivos estrellados de ocho puntas entre una viguería con entrelazados geométricos.

Mayor decoración reúne la Sala Árabe, gabinete cuadrado con zócalo de azulejos y decoración de yeserías policromadas cubierto a través de un artesonado con un cupulín de mocárabes en el centro. El artesonado está formado por vigas de madera pintadas imitando labores de taracea, siendo introducidos en los casetones unos moldes de escayola coloreados.

Sin duda, el palacio refleja la personalidad del propietario y su interés por la historia de España, lo que tuvo como resultado la ejecución de uno de los últimos conjuntos arquitectónicos historicistas madrileños de inspiración neo musulmana.

Arquitectura. Palacios provinciales, arzobispales, de justicia, de industria, etc., siglo XIX. Sig. 2-43-4; Comisión de Arquitectura. Arquitectos, 1841. Sig. 2-11-3; Comisión de Arquitectura. Informes, 1839-1850. Sig. 1-30-5; Comisión de Arquitectura. Informes, 1846-1855 Sig. 1-30-2; Libro de actas de juntas ordinarias, generales y públicas, 1831-1838. Sig. 3-89; Libro de registro de maestros arquitectos aprobados por la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, 1816-1900. Sig. 3-154, nº 232; Sección de Arquitectura. Informes sobre realización de obras, 1881-1882. Sig. 4-81-14; Secretario general. Oposiciones y concursos. Palacio del Congreso de Diputados (Madrid), 1842. Sig. 2-7-4.