Hijo de Mateo Rubio y Magdalena Alcayne, nació en Zaragoza el 15 de noviembre de 1798, siendo bautizado ese mismo día en el Santo Templo Metropolitano de dicha ciudad. Estudió aritmética y geometría, consiguiendo el título de agrimensor por la Academia de San Luis de Zaragoza. Continuó más tarde sus estudios en la teoría y práctica de la arquitectura en diferentes obras que estuvieron a su cargo, al tiempo que se aplicaba en la delineación y el lavado de planos. Junto con Dionisio Badiola elaboró por espacio de dos años la tasación y la construcción de varias obras que tenía el maestro de obras a su cargo en diferentes puntos de la provincia limítrofes con Zaragoza.

El 30 de septiembre de 1845 solicitó de la Academia de San Fernando su admisión a los ejercicios para la clase de maestro de obras, presentando como prueba de pensado el proyecto de una Casa de baños para el pueblo de Alhama, partido judicial de Ateca, provincia de Zaragoza (del A- 2025 al A- 2028) con el informe facultativo y el avance del coste de la obra, la fe de bautismo, la certificación de práctica librada por Dionisio Badiola y la justificación de su conducta moral y política.

La Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 17 de diciembre de 1845 examinó la obra y los documentos aportados, acordando el pase del pretendiente al resto de los ejercicios de reglamento por la totalidad de votos. Fue admitido en la Junta Ordinaria del 4 de enero de 1846, momento en el que le fueron sorteados los programas de repente. Le tocaron en suerte los números 44, 48 y 16, los cuales respondieron respectivamente: «En planta, alzado y corte y sobre un rectangulo de 50 pies de fachada y ochenta de fondo se demostrará una Casa con destino á Estafeta ó correo para una villa de dos mil vecinos y habitación para el Administrador», «Proyectar en planta, fachada y corte una Casa habitación para un cura Parroco inmediato á la Iglesia de solo un piso y otra igual al lado opuesto que sirva para deposito de los enseres de la Parroquia y cuarto para el Sacristán con la distribución de sus oficinas» y «Una Casa de labranza para un hacendado dispuesta de manera que la habitación del propietario este enteram^te separada de las oficinas que son necesarias en esta clase de edificios, pero dispuestas entre si uniformemente. Se demostrará en plantas y alzados».  De los tres asuntos escogió el nº 16, es decir, una Casa de campo para un hacendado (A- 1834), cuya elección comunicó a la corporación el 14 de enero.

La Junta de Examen tuvo lugar el 24 de enero de 1846, asistiendo a ella como vocales los profesores Juan Miguel de Inclán, Antonio Conde y González, Atilano Sanz, Eugenio de la Cámara y Marcial Antonio López. Cotejada la obra de pensado con la de repente que el pretendiente explicó una vez entrado en la sala, se procedió a la realización del examen teórico. Eugenio Rubio comenzó este nuevo ejercicio explicando el modo de replantear un edificio, hacer los cimientos y sus operaciones; las nivelaciones y el modo práctico de ejecutarlas; la manera de trazar diferentes figuras,  trasladarlas o aplicarlas de los planos a los terrenos; las mediciones de las tierras y el modo de efectuarlas, así como los instrumentos necesarios para hacerlas; la escuadra y su definición; el modo de hacer la tasación de los edificios y de construirlos desde el principio hasta el final; los métodos para ejecutar los hornos de pan y los materiales empleados en ellos; los arcos y las bóvedas como el modo de construirlos; el medio para conocer las piedras en las canteras a fin de aplicarlas a la construcción de los edificios y por último, el modo de edificar las escaleras.

Satisfechos los examinadores con las obras realizadas y las explicaciones dadas le vieron con los méritos suficientes para ostentar el título de maestro de obras por la totalidad de sufragios, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 25 de enero de 1846, a los 47 años de edad.