Hijo de Juan Pugnaire y Andrea Rodríguez, nació en Granada el 2 de septiembre de 1807 siendo bautizado en la iglesia parroquial de los Santos Mártires Justo y Pastor, y murió en dicha ciudad en 1880.

Se matriculó en el Real Cuerpo de la Maestranza de Caballería de Granada en el mes de junio de 1830 donde cursó todos los ramos que comprendían las Matemáticas puras y mixtas, la Dinámica, Hidráulica, Arquitectura civil y Dibujo de figuras, bajo la dirección del profesor Francisco de Paula Maestre de San Juan. Desde esa fecha hasta 1833, es decir durante cuatro años seguidos, asistió a todas las obras a cargo del maestro de obras José Contreras, entre ellas la iglesia de San Francisco, la reparación de las obras del obispado de Granada, la edificación de la iglesia parroquial de Berja (Almería) y otras particulares en las que aprendió la práctica de la profesión.

El 11 de abril de 1833 solicitó de la Academia de San Fernando su admisión a los ejercicios para la clase de maestro arquitecto, presentando como prueba de pensado el proyecto de un Hospital general para Granada (del A-2488 al A-2491) con su informe facultativo y el avance del coste de la obra, la partida de bautismo, la certificación de sus estudios librada por Francisco de Paula Maestre de San Juan, la certificación de práctica firmada por  el maestro de obras José Contreras y la justificación de su conducta moral y política.

La Comisión de Arquitectura reunida el 16 de abril de 1833 reconoció la obra y los documentos aportados, acordando el pase del interesado al resto de los ejercicios de reglamento. Fue admitido en la Junta Ordinaria del domingo 21 del mismo mes, fecha en la que le fueron sorteados los programas de repente. Le tocaron en suerte los números 32, 43 y 52, los cuales respondieron respectivamente: «Un Peso Real ó Almacen para despacho de generos comestibles con habitación para el Administrador y Mozos. Se demostrará en planta, fachada y una sección», «Puerta y entrada a una Plaza de armas con registro y habitación para una compañía de guardia, adornada de Arquitectura robusta correspondiente al edificio. Planta, fachada y corte» y «Un gran salon con destino á Armeria, adornado con el orden de Arquitectura correspondiente y cerrado con bobeda esquifada. Planta y seccion interior». De los tres asuntos escogió el nº 52, es decir, Un gran salón con destino a armería (A-5156), elección que comunicó a la corporación el 24 de abril

La Junta de Examen tuvo lugar la tarde del 7 de mayo de 1833, asistiendo a ella como vocales los profesores Juan Antonio Cuervo, Custodio Moreno, Miguel Fernández de Loredo y Juan Miguel de Inclán Valdés. Cotejada la obra de pensado con la de repente que el interesado explicó una vez entrado en la sala, se procedió a la realización del examen teórico. Pugnaire comenzó este nuevo ejercicio contestando a las preguntas que le hicieron los examinadores sobre geometría, particularmente las figuras iguales y semejantes, cuya aplicación explicó con gran acierto. Después trató los cuerpos prismáticos, el centro de gravedad, la resistencia de las maderas y la trigonometría con aplicación a la mecánica. Enseguida explicó las bóvedas que había diseñado en su obra de repente, su montea y las diferentes formas que podría haberlas dado, de ahí que tratase las secciones cónicas con gran inteligencia. Por último, se centró en la construcción y el conocimiento de los materiales, la medida y sección de un edificio, así como en otras cuestiones relativas a la práctica de la profesión.

Satisfechos los examinadores con el mérito de las obras ejecutadas y las contestaciones dadas a las preguntas formuladas le vieron con los conocimientos suficientes para ostentar el título de maestro arquitecto, grado que le fue concedido en la Junta Ordinaria del 2 de junio de 1833, a los 25 años de edad.

En la Junta Ordinaria del 5 de julio de 1835 se reseñó la remisión a la Academia de varios diseños suyos relativos a la colocación de una estatua del rey Fernando VII en la plaza que había sido local de la extinguida Inquisición en Granada, la cual debía construirse a expensas de los mineros y fabricantes de plomo de las Alpujarras en agradecimiento a las benéficas disposiciones del Real Decreto orgánico del 4 de julio de 1825. En esta fecha consta también que después de examinar los diseños, la Comisión de Arquitectura acordó estar conforme con la disposición, las formas de la plaza-galería y el lugar de ubicación de dicha estatua, pero para que se presentase con magnificencia debía asentarse sobre un pedestal proporcionado que correspondiese a la grandeza del objeto y no inmediatamente sobre el graderío.

En 1852, siendo arquitecto académico de la provincia de Granada, le veremos trabajando en el proyecto de ampliación del presidio de esta ciudad ubicado en el convento de Belén, planos que serían aprobados en la Junta General Extraordinaria del 12 de diciembre de este año. Del mismo modo, en la Junta General del 5 de junio de 1853 sería aprobado su plano y presupuesto para cárcel de Albuñol (Granada).

Años más tarde, envió a censura de la corporación académica el proyecto de cárcel para el partido de Loja (Granada) cuando ostentaba el cargo de arquitecto provincial. De este expediente se ocupó la Sección de Arquitectura reunida el 19 de mayo de 1865, la cual sacó las siguientes conclusiones: 1º) La necesidad de esta obra era evidente. 2º) La disposición, distribución y capacidad del nuevo edificio eran adecuadas al objeto del mismo. 3º) Se había tenido en cuenta en los planos las condiciones de luces, ventilación, aire respirable, saneamiento de humedades y demás prescripciones higiénicas sin haber desatendido la solidez de su construcción. 4º) Los precios elementales de los materiales y jornales, cálculos y presupuestos estaban bien formulados. 5º) Los pliegos de condiciones para la ejecución de las obras también se encontraban ajustados y conformes a la importancia de las edificaciones proyectadas. 6º) Los planos reunían los detalles necesarios para la completa inteligencia, y 7º) La medición como tasación de los terrenos de propiedad particular que debían ocupar el edificio estaban arreglados a los precios corrientes. Por todo ello, la Sección de Arquitectura propuso la aprobación del citado proyecto, siendo aprobado definitivamente por la Academia en la Junta General del 23 de mayo de 1865.

La Junta de la Sección de Arquitectura reunida el 13 de septiembre de 1867 examinó el expediente de apertura de una calle en Granada, desde la Plaza Nueva a la de Panaderas, así como la alineación de las adyacentes, los planos, informes, reclamaciones y el informe emitido por Pugnaire, entonces arquitecto provincial, que resumía y constataba como el interés privado se encontraba en lucha abierta con el público. Para la Sección de Arquitectura, el proyecto propuesto por José Contreras con las modificaciones hechas por Pugnaire se vieron acertadas.

Como arquitecto de la provincia de Granada dirigió durante algún tiempo las obras de la Alhambra y fue comisionado para redactar el catálogo de los monumentos de propiedad del Estado existentes en la provincia.