Nació en Santiago de Compostela (La Coruña) en 1770 y murió en la misma ciudad en 1838. Inició sus estudios en la Escuela Patriótica de Dibujo de su ciudad natal dependiente de la Sociedad Económica de Amigos del País, donde tuvo como profesor a Miguel Ferro Caaveiro, maestro de obras de la catedral. Fue pensionado por el arzobispo de Santiago para estudiar arquitectura y desde 1783 se aplicó en la teoría y práctica de todas las ramas de este arte en su tierra, inventando y construyendo varias obras, formando planos y dirigiendo obras particulares que le fueron encargadas, tales como la Capilla de las Ánimas del Purgatorio, o puentes de consideración construidos en beneficio público «desde la villa de Padrón distante de su capital a un rio cuatro leguas hasta la provincia de Tuy». Asimismo, el arzobispo de Santiago le encargó los planos de la nueva obra que se pensaba añadir a la Santa Iglesia Metropolitana, pero conformándose con las Reales Órdenes de S.M. presentó los diseños en borrador a la aprobación de la Academia de San Fernando el 1 de marzo de 1794 antes de ponerlos en limpio.

Hacia 1792 se trasladó a Madrid, convirtiéndose a partir de entonces en discípulo de la Academia y concretamente del director Juan Pedro Arnal, a cuyo estudio asistió con puntualidad y aprovechamiento. El 15 de junio de 1795 solicitó de la corporación su admisión a los ejercicios para el grado de académico de mérito. Fue admitido y en la Junta Ordinaria del 5 de julio se le dio como asunto a trabajar «En un sitio de 500 pies de fachada por 300 de costado, sè dispondrá un magnifico edificio con destino à Biblioteca R^l decorado según su carácter, que solo tenga tres Patios; grandiosa escalera a su centro, y que conste de las Oficinas y Servidumbres propias de su destino, à la espalda de el edificio se colocara Jardín proporcionado a su todo, adornado con Galerias para la colocacion de estatuas de los Heroes de Nra España en materia de ciencias […] Se hará manifiesto el pensamiento en plantas, fachadas y secciones, siendo su construccion incombustible, de las mejores materias á este fin» (del A-750 al A-754). Lo acompañó de una disertación científica que debía manifestar la cualidad del edificio y recoger el por qué de las partes arquitectónicas que lo formaban y decoraban, junto con el cálculo del coste de la biblioteca. De mismo modo, debía formar el modelo de un cenador de forma elíptica para ser ubicado en medio del jardín, siendo su escala de diez pies a uno castellano.

El 8 de octubre de 1796 tuvo los diseños terminados y el 2 de octubre presentó un memorial solicitando día para ser examinado. La Junta de Examen tuvo lugar el 31 de octubre, fecha en la que fueron censurados sus ejercicios de pensado y repente, así como la prueba de montea de un modelo en madera que había ejecutado dentro de la Academia. Los examinadores (Maella, Arnal, Rodríguez, Sánchez, Casanova y Bosarte) le creyeron apto para ostentar el grado de académico de mérito, siéndole concedido por unanimidad de votos en la Junta Ordinaria del 4 de diciembre de 1796.

A la vez que preparaba su examen de académico de mérito elaboró tres diseños en borrador para la reedificación de la iglesia parroquial de San Benito del Campo en la ciudad de Santiago (Galicia), templo que amenazaba ruina desde marzo de 1787. Fueron censurados por la Comisión de Arquitectura el 28 de agosto de 1795, momento en el que se acordó que el autor hablase con Juan Pedro Arnal, por entonces director de arquitectura, a fin de recibir algunas advertencias que el profesor debía comunicarle respecto a la obra. Finalmente presentó el plano en limpio, siendo aprobado en todas sus partes el 16 de septiembre.

Años más tarde le veremos trabajando en el proyecto de reparación del puente grande de la villa de Noya (La Coruña) y sus casas consistoriales, como en la construcción del altar mayor y dos colaterales hechos en mármoles y jaspes para la catedral de Santiago. Respecto a este último proyecto, la Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 29 de abril de 1802 advirtió en los diseños «la irregularidad de la planta de las dos pequeñas sacristías que aún denomina vestuarios; y asimismo q^e el altar mayor es desproporcionado é inutil la repeticion de pedestales. En orden al diseño de los colaterales, aunque mas bien entendido que el mayor, será convente q^e su zocalo sobre la mesa fuese continuado, y no resaltase con las basas de las columnas, y servirá aun de grada al mismo tiempo; y finalm^te haría mas ligero si se disminuyere el diametro de la medalla con que remata, suprimiendo los candeleros de los extremos. Pero principalm^te advirtió la Acadª q^e la colocacion de estos altares delante de los machones de la Yglesia es impropia y nada conveniente». Ante tantos errores la obra fue reprobada y se le comunicó al autor la obligatoriedad de presentar nuevos diseños.

En 1804 se comunicó a la Academia que desde hacía dos años se estaban acometiendo obras de consideración en la catedral de Lugo bajo la dirección del académico Melchor de Prado y Mariño y que debían ser continuadas durante algún tiempo. Por otro lado, que se habían ejecutado y armado tres retablos grandes de madera con otro pequeño de altar, una caja de órgano, además de otras, y que se estaba intentando deshacer el antiguo enrejado del coro y la capilla mayor junto con otros nuevos en Santiago. También que, según el capellán de la iglesia de Lugo, Joaquín Antonio del Camino, se intentaba «formar un entierro con su capilla ó altar en el claustro para sepulturas del obispo y de los canonigos, y tres obras sin haverse presentado ningun diseño, ni haver trazas de que se presenten en lo sucesivo á la Academia para su aprobación [...]. Los dos nuevos retablos de Sⁿ Josef, y Santa Lucia, aunque bien organizados al parecer según las proporciones de orden corintio, se han hecho sin ninguna consideracion al sitio en el trascoro de la capilla mayor de mui corto terreno, obscuro y baxo, llegando al ático con su grupo á dar casi con la bóveda, y lo que es peor es, sin dejar lugar para las tarimas, gradas, ó escabelos [...].  La pintura de los referidos retablos es un jaspeado [...]; a las columnas que son muy robustas y quatro en cada altar las han dado de un color sanguineo obscuro. El tercer retablo se ha levantado en el trascoro pral ó á espaldas del coro, tambien de órden corintio con seis columnas, que no las tiene tantas ni aun el altar mayor [...], orden que por ser tan festivo no sé que venga muy adequado á la estatua que se va á colocar en su nicho, de un Ecce homo muy lastimoso, que mejor pediria la severidad del órden Dorico, como se lo insinue al mismo facultativo, y á varios canonigos. […]  Pero lo q^e tal vez disgustará mas es un grupo que se han echado sobre la misma cúspide del frontispicio, ó atico y cubre todo este hasta sus extremos, ó ángulos colaterales con un angel en medio [...] de desmesurada corpulencia teniendo en las manos una cruz, á la que estan en actitud de adorar otros dos angeles en los mismos extremos del frontispicio. [...] La caxa de órgano a mi entender lleva demasiada altura, por que corta algunos arcos de la galeria, q^e corre por toda la nave principal de la iglesia. [...] No he visto los diseños de las rejas para el coro, y capilla mayor, por que á mi no me muestran estas cosas desde que dige algunas claridades al cabildo [...]».

Ante la carta del canónigo, la Junta Particular celebrada por la Academia el 8 de julio de 1804 le respondió que no había censurado proyecto alguno referente a estas obras y que sólo el 24 de agosto de 1802 había aprobado los diseños formados por Prado y Mariño relativos a un altar mayor y dos colaterales de mármoles del país para el trascoro de la catedral de Santiago.  Enterado Melchor de Prado del asunto remitió desde Santiago a la corporación el 1 de agosto de 1804  una carta comunicando que era cierto que había ejecutado dos diseños por los cuales se habían construido tres altares de madera en la catedral de Lugo, faltando así a las reales órdenes y las providencias de ese Real Cuerpo, pero que no había creído necesario remitirlos a informe porque dichas providencias se contravenían de continuo en todo el Reino de Galicia  y mientras que los arquitectos aprobados estaban siempre en el punto de mira de sus obligaciones, los picapedreros y carpinteros apellidados arquitectos tenían amplia libertad para idear, dirigir y tasar todo tipo de edificios; es más, añadía el hecho de estarse construyendo por entonces seis altares  de madera por distintos sujetos, a los cuales se podía unir entre otros el monstruoso que estaban erigiendo en la iglesia de su convento los PP. de Santo Domingo en Pontevedra y  las monjas Dominicas en Nova (Lugo).

La Junta de la Comisión de Arquitectura reunida el 3 de julio de 1806 despachó 10 expedientes de los cuales el número 6º respondió a un plano elaborado por este académico para la construcción de un puente sobre el río Landro en Vivero (Lugo) con dos ideas diferentes: una para hacerlo de piedra y otra de madera. Acompañaba al diseño el informe correspondiente y dos cálculos, elevándose el del puente de piedra a 219, 277 reales mientras que el de madera a 42.835 reales de vellón. Ambas ideas fueron aprobadas y, aunque la junta juzgó como preferente el de piedra, acordó que el Concejo determinase cuál de los dos era el más conveniente teniendo en cuenta los caudales con los que contaban los pueblos interesados en su construcción.

Más tarde se ocupó de un diseño para un puente sobre el río Tambre (La Coruña) cuyo coste regulaba en 718,701 reales. La Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 3 de marzo de 1808 despachó dicho expediente, pero lo reprobó «por que ademas de tener poco espesor los tajamares del puente, los quales conviene que no tengan menos de la quarta parte del vano de los arcos; falta tambien un plan general que comprhenda parte del terreno agua arriba, para que se vea la direccion que llevan las aguas al tomar el puente. Asi mismo convendria q^e á este se le diese algun ancho mas del que tiene en el diseño; de modo que en los encuentros de carruages no se tropiecen interceptando el paso que en todas ocasiones debe quedar desembarazado». A finales de mes se estudió el expediente relativo a las obras de utilidad pública que debían ejecutarse en la villa de Ribadeo (Lugo), entre las que se encontraba el empedrado de la nueva plaza, la reposición de varios tramos de caminos, los encañados de varias fuentes y el rebaje del cauce del río. Prado y Mariño adjuntó la declaración de los peritos de aquella villa, quienes habían regulado el coste de las obras en 47.358 reales de vellón, cifra muy inferior a la suya, ya que con mayor conocimiento la había calculado en 58.413 reales. Todo lo presentado fue aprobado en su totalidad por la Comisión de Arquitectura el  31 de marzo de 1808.

Como hemos mencionado, estuvo ocupado en el empedrado de las calles de la Avda. la Población, así como en sus entradas y salida; la reparación del puente grande de la villa de Noya, sus casas consistoriales, empedrado de calles, entradas y salidas con un plano topográfico del pueblo, cuyo coste había calculado en 557,682 reales, proyectos todos ellos que serían aprobados finalmente en la Junta de la Comisión de Arquitectura el 2 de junio de 1808.

Más tarde, la Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el 1 de septiembre de 1814 examinó varios expedientes, entre ellos, los planos en limpio ideados por Juan Antonio Cuervo para la iglesia parroquial de Arroyomolinos (Madrid), que fueron aprobados al estar conformes a los borradores censurados el 29 de julio, además de la exposición de los diputados de la cofradía de Ánimas en la ciudad de Santiago, que manifestaban haber adquirido las casas próximas para proporcionar una decorosa entrada a la capilla a modo de atrio, de cuyo proyecto se había encargado al académico Melchor de Prado y fue aprobado en esta misma junta.

Al año siguiente, Prado Mariño ideó el proyecto de la iglesia-colegiata de Vigo, cuyos tres papeles con la planta, fachada, corte de la misma y el calculo de su coste elevado en 1.658,390 reales de vellón, fueron aprobados por la Comisión de Arquitectura el 1 de febrero de 1815 y por la Academia en la Junta Ordinaria del 19 del mismo mes. En dicha reunión «se presentaron pª esta misma Yglesia otros papeles, que por surridicula demostracion, no merecen el nombre de Planos ni dibujos; formados por Dⁿ Domº Novas, que los autoriza como Maestro de obras en Pazos de Reyes. La Comision no pudo aprobar el pensamiento por carecer de toda regularidad proporcion y demostraciones; y fue de dictamen se dijese á la Academia hiciera entender á el Autor se abstenga en los sucesivo de molestar con semejantes impertinencias para emplearse en otros servicios de mejor uso».

A finales de 1815 remitió a informe de la corporación académica dos dibujos acompañados del correspondiente informe facultativo para el nuevo restablecimiento de la fuente pública de la villa de Arzúa (La Coruña), los cuales fueron aprobados el 9 de diciembre. En 1816 ejecutó el proyecto de nueva planta para la cárcel pública de Pontevedra, con el presupuesto del coste de la obra calculaba en 413.951 reales de vellón, el cual sería igualmente aprobado a finales de marzo. Por entonces, aprovechó la ocasión para hacer una exposición a la Academia quejándose del Ayuntamiento de Santiago por desobedecer las reales órdenes de continuo al no nombrar a un arquitecto aprobado que llevase a cabo el arreglo de sus obras públicas y por el contrario nombrar a unos que no lo eran, motivo por el que se advertían numerosos desórdenes en las calles y en muchos edificios de la ciudad. Con esta exposición, solicitaba que la Academia obligase a dicho ayuntamiento a cumplir las órdenes vigentes y que nombrase a un arquitecto académico con la competente dotación para la dirección de sus obras públicas. La Comisión de Arquitectura reunida el 25 de mayo de 1816 vio justa dicha solicitud y acordó comunicar a la Academia que remitiese al ayuntamiento la Real Cédula del 2 de octubre de 1814 para su debido cumplimiento.

A mediados de 1817, siendo vecino de la ciudad de Santiago, hizo una exposición al instituto académico sobre la construcción de un teatro de comedias, cuyos diseños habían sido encargados al carpintero Agustín Trasmonte como maestro mayor de esa ciudad sin haberlos remitido previamente a censura y aprobación de la Academia cuando era él quien estaba dirigiendo las obras. También señalaba que la obra tenía un coste superior a la cantidad estipulada por dicho carpintero, quien a su vez había presentado al Ayuntamiento de Santiago otros proyectos como el de un hospicio con capilla para lazareto y la fábrica de nueva planta para la iglesia parroquial de San Juan de Saidres (Pontevedra), bajo los diseños y dirección de un lego del monasterio de San Martín. Visto el expediente por la Comisión de Arquitectura el 13 de junio de 1817, acordó que «para seguridad de quanto se expresa combendrá pedir informe al Corregidor de Santiago, y siendo cierto livrar los correspondientes exortos, para que suspendiendo la continuacion de las obras remitan los planes á la censura de la Academia». 

Al mes siguiente, Prado y Mariño volvió a ponerse en contacto con la Academia a fin de hacerla partícipe que, para la pronta conclusión de las obras, el arquitecto Fernando Domínguez había formado otros diseños para el mismo teatro sustituyendo la forma elíptica a la rectangular que anteriormente tenía por ser en estos momentos el director de las obras. Seguidamente, puso de manifiesto que las obras de nueva planta de la iglesia de Saidres (Pontevedra) seguían igual que antes con 22 operarios trabajando en ella y un aparejador, lo que significaba que tanto en ese ayuntamiento como en las demás corporaciones de la ciudad y fuera de ella se abusaba de las reales órdenes sin ningún tipo de escrúpulo.

Antes de acabar el año de 1817, el obispo de Orense remitió a informe el dibujo del altar para la iglesia de la abadía de Hermisende (Zamora) ejecutado por Prado y Mariño, que sería  aprobado por la Comisión de Arquitectura el  30 de octubre de 1817, no sin antes advertir al académico que hiciese más pequeño el altar atando su cornisa con la imposta del arco, que suprimiese el zócalo de las columnas y rematase el retablo con otro adorno más análogo en caso de que no fuese precisa la colocación del Cristo por no ser conveniente su proporción con la estatua del titular.

Durante 1818 ejecutó un dibujo para el sepulcro de la marquesa de Camarasa, que debía construirse en mármoles y ser colocado en la iglesia parroquial de Santa María del Camino en la ciudad de Santiago. Fue aprobado por la Comisión el 1 de abril de 1818, no sin antes comunicarle que debía truncar la pirámide medio pie debajo del arco de su colocación y suprimir los paños colgantes sobre el busto de la difunta.

Según unas fuentes, fue maestro mayor del Ayuntamiento de La Coruña y según otras Arquitecto titular de la ciudad Santiago, tal y como se reseña en la la Junta Ordinaria del 9 de agosto de 1818. No obstante, independientemente de estos cargos continuó remitiendo obras a la censura de la Academia durante los siguientes años, entre ellos varios diseños para la reparación del puente de Belesar sobre el río Miño (Lugo), aprobados por la Comisión el 26 de abril de 1825, además de otros tantos en 1826 para la construcción de diversas obras para el establecimiento de la Real Audiencia, Capitanía General, cárceles y otras oficinas que se intentaban ubicar en el Colegio de San Clemente en la ciudad de Santiago.  Respecto a esta última obra, se realizaron varios proyectos para su construcción: uno firmado por Prado y Mariño, otro por el maestro de obras Juan Conde y un tercero por Felipe Gianza. Una vez reconocidos por la Comisión de Arquitectura el 23 de mayo se convino unánimemente que los dibujos con mejor decoración, buen gusto y distribución eran los elaborados por Prado y Mariño, dictamen que sería corroborado por la Academia en la Junta Ordinaria del 16 de julio de 1826. En este mismo año, la Junta de la Comisión del 7 de julio le había aprobado el plano de varias obras que eran necesarias ejecutar a fin de impedir las inundaciones del río Támega en la villa de Verín (Orense) y el correspondiente a la reparación de dos casas y parte de ellas introducidas en el mismo río.

Entre 1827 y 1832 la Academia siguió aprobándole nuevos proyectos: el tabernáculo y altar aislado que debían construirse en la iglesia del Hospital Real de Santiago (Junta Ordinaria del domingo 6 de mayo de 1827); el retablo de piedra para la capilla de la Venerable Congregación del Divino Espíritu Santo y María Santísima de los Dolores en La Coruña (Junta de la Comisión del 23 de octubre de 1828); dos proyectos para la reparación del puente y la casa consistorial  de la ciudad de Orense (J. Comisión de Arquitectura del 11 de agosto de 1829); el pensamiento de un retablo mayor para la iglesia del convento de San Francisco de Asís en la ciudad de Santiago (Junta de la Comisión de Arquitectura el 14 de septiembre en 1830); el proyecto de iglesia parroquial para Caldas de Reyes en Pontevedra (Junta Ordinaria del 13 de marzo de 1831) y los dibujos de los retablos colaterales de la iglesia y convento de San Francisco en Santiago de Compostela (Junta de la Comisión de enero de 1832).

En el Catálogo para las actas de 1830 de los Señores individuos (vivos) de la Real Academia de San Fernando, aparecen Carlos María Isidro (jefe principal,) Manuel González Salomón (protector), Juan Manuel de Inclán (vicesecretario), Carlos de Vargas Machuca (consiliario), José Segundo Izquierdo (académicos de honor) y Melchor de Prado y Mariño, este último entre los académicos de mérito, aunque incidiendo en que había solicitado dicho grado el 1º de octubre de ese año.

Viendo la Comisión de Arquitectura las diferentes reales órdenes que preveían a la Academia el nombramiento de comisiones en sus delegaciones para poder proceder a verificar el examen de los agrimensores aforadores de Galicia y Sevilla, la Junta de la Comisión de Arquitectura celebrada el  21 de febrero de 1832 acordó nombrar para Sevilla a los académicos residentes en esa ciudad, es decir, Melchor Cano, Otero y Salustiano Ardanaz mientras que para La Coruña el académico Prado y Mariño, el arquitecto Uría residente en el Ferrol y el  1º maestro de Matemáticas de aquella Escuela Náutica, Cayetano Fernández Villamil. Pero esta junta de La Coruña nunca llegó a instalarse por ciertos reparos y problemas que tuvieron lugar. En La Coruña también residían Alejo Andrade Yáñez, Juan Bautista de Aguirre y Domingo Fontán, catedrático de matemáticas de la Real Universidad de Santiago que, por su destino y las diferentes comisiones que tenía a su cargo, no siempre se hallaba libre y dispuesto para formar parte de la junta delegada de examen como era deseable. Finalmente se acordó que la junta delegada se reuniese en Santiago en vez de en La Coruña al ser la ciudad en donde se encontraban todas las autoridades y tribunales de Galicia, y quedase conformada por el arquitecto y académico de mérito Alejo Andrade Yáñez, el catedrático de Matemáticas de esa Universidad Domingo Fontán y el maestro arquitecto Domingo Lares, pudiendo ser sustituido cualquiera de los tres por el arquitecto Juan Bautista de Aguirre.